Die Thomaskirche von Kleinsteinbach wurde in den Jahren 1807-1817 nach den Plänen des bekannten Architekten Friedrich Weinbrenner

 im klassizistischen Stil erbaut. An ihrem Standort stand die alte Thomaskirche, die in der Zeit zwischen 1350-1400 errichtet worden, und vom alten Friedhof umgeben war. Den Namen hatte die alte und die neue Kirche von Thomas, dem Schutzheiligen der Architekten und Zimmerleute.

Erste Pläne für eine neue Kirche gab es bereits 1802 vom Amt in Stein, die dann aber durch Pläne von Friedrich Weinbrenner ersetzt wurden. Begonnen wurde mit dem Bau im Jahre 1807. Wegen des sumpfigen Untergrundes musste der Bau auf Eichenroste gestellt werden.

Auf Regierungsbefehl hin mussten die Gemeinden Wilferdingen, Singen und Mutschelbach Fronfuhren leisten. In der Zeit von 1808 bis 1810 konnte wegen Geldmangels nicht weitergebaut werden. 1814 war der Bau unter Dach und man konnte mit dem Innenausbau und den Malerarbeiten beginnen. Die Orgel wurde ebenfalls nach den Plänen von Friedrich Weinbrenner vom Hoforgelbauer Bürgy aus Durlach gebaut. Eine Glocke, die Michalesglocke, stammt vom Kloster Frauenalb. Sie wurde den Kleinsteinbachern großzügigerweise kostenlos überlassen, da sie dort nicht mit den anderen Glocken harmonierte.

Die Einweihung der Kirche erfolgte am 14. September 1817. Wie man nach der Fertigstellung und bei der Einweihung feststellte, sei diese Kirche unter anderen ein ausgezeichnetes Bauwerk. Allerdings hatte sie auch mit 27 000 Gulden ungefähr dreimal soviel gekostet, wie von Friedrich Weinbrenner veranschlagt worden war.

1838 wurde zur Gewinnung weiterer Sitzplätze, insgesamt ca. 600, die Empore vergrößert. Für die bauliche Unterhaltung der Kirche ist der Staat zuständig, doch bei jeder Reparatur, Änderung oder einem Umbau hat die Kirchengemeinde einen Anteil der Kosten zu übernehmen.

Die Christusglocke, die Michaelsglocke und die Lutherglocke.

Mit den 1952 gegossenen Glocken wurde auch ein elektrisches Läutwerk eingebaut.

Die alte mechanische Uhr wurde durch eine elektrisch betriebene ersetzt.

Die Koksheizung, die zwei gusseiserne Öfen ersetzt hatte, wurde auf Öl umgestellt. Auch die erste Lautsprecheranlage wurde eingebaut.

Der Taufstein ist das älteste Element im Kirchenraum, eingearbeitete Jahreszahl 1609, und stammt noch aus der vorherigen Kirche. Er wurde aus einem Sandstein gefertigt und hat eine achteckige Form. Die Zahl „Acht“ hat Symbolcharakter.

So waren „acht“ Menschen in der Arche, am „achten“ Tag ist Jesus auferstanden, der „achte“ Ton ergibt eine Oktave. Eine liegende „Acht“ steht für unendlich, da es keinen Anfang und kein Ende gibt.

Das Kreuz mit Kruzifix steht hinter dem Altar; vor der Orgel. Es hat eine Höhe von ca. 4 Metern. Das Kruzifix ist ca. 2 Meter hoch. Über das Alter und den Künstler ist nichts bekannt.

In den Jahren 1952/53 gab es im Innenraum der Kirche einige gravierende Veränderungen. Die in der Mitte der Stirnseite angebrachte Kanzel wurde auf die Seite verlegt. Der Spruch: „Einen anderen Grund kann niemand legen, außer dem der gelegt ist, welcher ist Jesus Christus“, der über der Kanzel stand, verschwand. An dieser Stelle und dem dahinterliegenden Raum baute man eine neue Orgel ein.

Diese hat 23 Register, zwei Manuale und ein Pedal. Am Standort der alten Orgel entstand dadurch Platz für die Chöre. Der Spieltisch verblieb aber auf der alten Orgelempore.